spearfish 论文：Δ-mapping 大幅提速冗余转录组长读段比对
anshulkundaje · x · 2026-11-08
- Maryland 大学 Rob Patro 团队等在 bioRxiv 发布 spearfish：面向冗余转录组的超快长读段比对器，核心是「Δ-mapping」——计算每个目标与最优候选的比对分数差。
- 关键思路：所有候选共享的序列不可能改变分差，直接跳过；只在差异区段比对，且每个不同序列只比对一次而非每个 isoform 各比对一次。
- 种子来自局部一致解析（LCP），所有含某外显子的 isoform 内部得到相同种子；折叠后得到一个类 de Bruijn 的核心图，规模由不同外显子序列加少量剪接结项决定。代码已开源。
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