二核苷酸打乱保留 CA 起始子,基因组模型负样本设计有坑
anshulkundaje · x · 2026-11-07
Anshul Kundaje 转发团队关于序列到功能模型的讨论线程。要点：二核苷酸打乱（dinuc shuffling）是 seq2func 模型的标准负样本构造方法——它保留了碱基和二核苷酸组成（重要协变量），同时破坏 TF motif 等特征；但 TSS 定位的主导特征恰恰是起始子（initiator）这个二核苷酸 CA，打乱会被保留，构成方法上的隐忧。
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