UMass 团队发布 BATv1：3429 个转录因子结合 ChIP-seq 模型图谱
jmschreiber91 · x · 2026-10-31
UMass Chan 医学院可编程基因组学实验室发布 Cherimoya Binding ATlas（BATv1）：共 17,145 个 Cherimoya 模型，覆盖 ENCODE 项目 3,429 个转录因子结合 ChIP-seq 实验、183 种生物样本、1,139 个靶点。
- 模型结构：BPNet 家族的紧凑残差卷积网络（45,586 参数，9 层 32 filters），输入 one-hot DNA 序列 + 实验控制信号（各 2114bp 窗口），输出中心 1000bp 的链特异性 ChIP-seq profile 与总 reads 数；双链共享同一 softmax 分布。
- 训练与评估：每实验在 5 折染色体留出交叉验证上训练和评估，验证/测试染色体均有性能报告。
- 每个模型对应单实验，按需下载；CC-BY-4.0 许可，代码见 github.com/jmschrei/cherimoya。
所属事件:UMass 发布 BATv1：4.6 万参数小模型覆盖 3429 组转录因子结合实验(5 条相关)→
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