UMass 发布 BATv1：4.6 万参数小模型覆盖 3429 组转录因子结合实验
UMass Chan 医学院可编程基因组学实验室（@jmschreiber91）发布 Cherimoya Binding Atlas（BATv1）：一套基因组序列到功能（S2F）模型集合，包含 17,145 个 Cherimoya 模型，覆盖 ENCODE 项目的 3,429 个转录因子结合 ChIP-seq 实验，涉及 183 种生物样本和 1,139 个 targets。@finchshenq 将其称为当周压轴发布。
已确认
- BATv1 共 17,145 个模型，覆盖 3,429 组 TF 结合 ChIP-seq 实验、183 种生物样本、1,139 个 targets，数据来自 ENCODE。
- 模型体积极小：单个 BATv1 模型约 4.6 万参数，对比 CATv1 可及性模型约 61.4 万参数、BPNet 约 11.4 万参数。
- 作者报告初步对比中 BATv1 通常比 BPNet 更精确，尽管参数量小约一个数量级。
- 模型已开源。
- 针对 Enformer 常混淆转录因子 motif 与开放染色质 GC 偏置的质疑，作者回应称 BATv1 与 BPNet 系列使用完全相同的训练数据和 loci（仅采样比例略有差异），以规避 GC 偏置问题。
为什么重要
- 参数量小一个数量级却精度更高，挑战了基因组 S2F 模型「越大越好」的直觉，也便于大规模部署和复用。
- 覆盖 3,429 组实验的系统化图谱为转录因子结合预测提供了统一、可批量使用的资源。
2026-10-31 ~ 2026-10-31 · 5 条相关
- 第 1 集:UMass 发布 BATv1：4.6 万参数小模型覆盖 3429 组转录因子结合实验(2026-10-31,5 条)
- 第 2 集:研究者用 TF 结合模型解读变异并低成本 QC 设计 DNA 元件(2026-10-31,7 条)
- 第 3 集:斯坦福学者解析基因组模型如何校正染色质混淆(2026-10-31,2 条)
一手来源
- UMass 团队发布 BATv1：3429 个转录因子结合 ChIP-seq 模型图谱 — jmschreiber91 ·
- 仅 4.6 万参数的 BATv1 模型精度超越 11 万参数的 BPNet — jmschreiber91 ·
- 【源头】UMass 团队发布 BATv1：3429 个转录因子结合 ChIP-seq 模型图谱 — jmschreiber91 · 2026-10-31
- Cherimoya Binding Atlas 发布：46k 参数小模型覆盖 3429 组转录因子结合数据 — jmschreiber91 · 2026-10-31
- 【源头】仅 4.6 万参数的 BATv1 模型精度超越 11 万参数的 BPNet — jmschreiber91 · 2026-10-31
- BATv1 基因组模型开源答疑：与 BPNet 用同源数据训练、规避 GC 偏置 — jmschreiber91 · 2026-10-31
另有 1 条近重复转述:finch_shenq