AI 一个周末完成 auto-optimize，MACS3 峰值分析提速 41-64 倍
jmschreiber91 · x · 2026-10-22
生信工具 MACS3 发布 v3.1.0，核心亮点是 Jacob Schreiber 贡献的 auto-optimize 工作，使 callpeak 速度提升 41-64 倍——维护者感叹「AI 一个周末做到了我期待多年的事」。
8 核基准测试（三次运行取中位数）结果：
- BAM：41×
- FRAG：64×
- BAM with control：49×
- BAMPE：57×
注意：提速因工作负载而异，短任务改善有限，大输入可能占用更多内存。新版本还增加了 --threads 和 MACS3NUMTHREADS 的 CPU 预算控制、--process-backend 执行策略选项，并修复了 control 样本重复过滤等问题。
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