kallisto 作者围观 Rust 重写版 kallistors:快 2.7 倍且结果完全一致
lpachter · x · 2026-10-20
- 开源项目 kallistors 用 Rust 重写了 RNA-seq 伪比对与定量工具 kallisto,宣称速度提升 2.7 倍,且在真实数据上与原版结果完全一致(exact parity),MIT 协议。
- 支持 kallisto v13 兼容的转录组索引、双端/单端 reads 定量,输出 kallisto 风格的 abundance.tsv、runinfo.json 与 abundance.h5;支持单细胞 BUS 工作流,含 BAM 输入输出模式。
- kallisto 原作者 Lior Pachter 转发表示乐见其成,但指出验证与功能覆盖(包括 bustools、lr-kallisto、kb-python 等)仍有很长路要走。
- v0.5.0 带来速度加速;仓库目前仅 6 stars,早期阶段。
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