蛋白质结合评分横评:ipDAE 稳定领先,OpenDDE+ipTM 意外强
AllThingsApx · x · 2026-10-31
btnaughton 分享了对折叠模型上 ipSAE、ipDAE、ipTM 三种界面评分方法的快速对比。配图(Decade 的 ProteinBase 基准)显示:用 200 个实验测定的结合物和 200 个非结合物、28 个靶点、3 种结构预测器,取各方法 top 10% 计算阳性预测值(PPV)。结论:ipDAE(BindCraft2 所用)整体表现持续优秀(多组 77.5–80% PPV),而 OpenDDE+ipTM 意外地好(80%,为单模型组合最高),且该结论在不同阈值下稳健;三种模型共识(ensemble)带来的提升不如预期(72.5–75%)。作者还指出 ipSAE 整体偏弱,OpenDDE+ipTM 在不同阈值下均稳健。
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