auto-optimize 将生信工具 leafcutter 提速 10.1 倍且输出逐字节一致
jmschreiber91 · x · 2026-10-30
UMass Chan 医学院可编程基因组学实验室的 jmschrei 提交了一个 leafcutter 优化 PR：用其自研的 auto-optimize 工具自动找到优化方案，将 100 个 GTEx v8 样本的内含子聚类与差异剪接分析从 376.3 秒降到 37.1 秒，提速 10.1 倍，且输出与原版逐字节一致（五次取中位数）。在其他 93 组 Usage 基准配置（不同队列、测序类型、组装版本、线程数）上，中位提速 2.6 倍，无一例变慢超过 1 秒。PR 拆成三个可独立评审/合并的 commit：聚类、R 中的差异剪接、以及模型拟合的编译快速路径。这是「AI/自动化工具优化科学计算代码」的一个典型案例。
所属事件:AI 工具 auto-optimize 自动优化经典生信软件,提速最高 10 倍(3 条相关)→
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