基因组ML新文件格式：支持GPU直载，兼容JAX/PyTorch
jmschreiber91 · x · 2026-10-28
作者介绍一款为现代基因组机器学习设计的新文件格式（可完成 bigwig 的所有功能）：支持类似 bigwig 的 zoom 分辨率、任意数据类型、前两维任一方向可稀疏存储（不同任务/数据各有偏好），并能为单细胞/分子数据按聚类提取 pseudobulk。性能上可通过通用 kernel 直接加载到 GPU，兼容 JAX、TensorFlow、PyTorch 等框架，并给出 pin memory、device=cuda、dlpack 等多种加载路径。作者坦承目前收益尚属温和，未来或有改进。
所属事件:figwig 发布：bigWig 的 N 维数组泛化格式，为基因组 ML 而生(8 条相关)→
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