开源工具 LIVIA 上线:评估与可视化 AlphaFold 类蛋白互作预测
sokrypton · x · 2026-09-21
研究者 ahramkim1128 发布新工具 LIVIA(Local Interaction Visualization and Analysis),一个基于浏览器的蛋白质-蛋白质互作预测评估与可视化工具:
- 支持 AlphaFold-Multimer、AF3、ColabFold、Boltz-1/2、Chai-1、OpenFold3 的预测结果,自动识别 ZIP 或文件夹
- 直接回答两个核心问题:这些蛋白是否互作?哪些残基构成界面?
- 提供界面置信度分数,包括自研局部指标 iLIS、ipSAE、actifpTM、ipTM
- 输出界面热图(PAE、LIS、cLIS)、序列查看器、线形与环形接触图,高亮 Local Interaction Residues(LIR)和 contact LIR(cLIR)
- 内嵌 Mol 3D 查看
新版本还加入了 LIpDockQ 和 LIpDockQ2:与 2022/2023 年的 pDockQ/pDockQ2 对全长预测而非置信界面打分不同,它们在含固有无序区(IDR)或多结构域蛋白上的 PPI 中不会像 ipTM 那样被稀释,也不按 PAE 过滤。
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