北大与中科院把薛定谔桥做到李群上,蛋白扭转 NLL 低于 TDM

Schrödinger Bridges on Lie Group Manifolds for Probabilistic Intrinsic Generation

Shizhe Zhang, Mingyang Zhao, Lei Ma

stat.ML, cs.AI, cs.LG

2026-09-02

北大与中科院把两端分布的薛定谔桥做到李群动能空间。环面用解析核 WKBC,非交换群用 RCCBM 学控制器。蛋白扭转 NLL 从 TDM 的 0.69 降到 0.59,路径比分子动力学直 95%。

这篇在解决什么

分子扭转角是周期的,刚体取向住在旋转群上。把这些量摊平到欧氏空间再反复投影,会引入坐标不一致和几何误差。扩散和流匹配通常从简单先验运到数据,科学问题里两端分布都观测得到,中间那条随机路径本身也有意义,例如两种蛋白构象之间怎么走。

薛定谔桥是在相对熵意义下、贴近一条参考过程、同时匹配两端分布的随机最优传输。这篇把它做到李群上,而且允许两端只看到部分状态:位置在群上,速度在李代数里,速度可以是隐变量,由熵投影补出来。

方法

状态写成 Xt=(gt, ξt),gt 在李群 G 上走,速度 ξt 住在固定的李代数 g 里。参考过程是动能 Ornstein–Uhlenbeck:群坐标按左平移用速度积分,速度做阻尼加噪声。随机力和学到的控制都作用在李代数这个固定向量空间里,群坐标始终在流形上,不用反复投影。

两端只约束实际测到的量。熵投影给出唯一的桥,并决定未观测端点速度的条件分布。前向生成只需要校准后的初值,加上一个 Doob 控制器(把过程拧到命中终端观测的漂移修正)。

同一座桥有两套算法。紧致交换群(环面,蛋白/RNA 扭转角)上,周期延拓后动能核有闭式,Wrapped-Kernel Bridge Calibration(WKBC)直接算传播因子和速度方向的对数梯度。紧致非交换群(SO(3)、U(n))没有现成核,Reciprocal Conditional-Control Bridge Matching(RCCBM)先校准两端互反律,再用磨光后的有限能量条件教师回归一个马尔可夫前向控制。刚体构型先去掉整体旋转,缩到紧致约化群再学。误差按端点、控制回归、初值、离散化拆开,用有界 Lipschitz 路径距离给了模组分界。

结果

扭转角任务跟 TDM 对齐的先验到数据似然协议比负对数似然(越低越好):

数据RDMRFMTDMWKBC
General 2D1.041.010.690.59
Glycine1.971.901.040.84
Proline0.120.15-0.60-1.02
Pre-Pro1.241.180.520.17
RNA 7D-3.70-5.20-6.86-8.86

路径诊断上 General 任务 ValidRate 从 TDM 的 0.595 升到 0.873,Ramachandran JSD 从 0.277 降到 0.125。RNA 的几何 RMSE 是少数 WKBC 没赢的格子:0.854 对 TDM 的 0.843。

SO(3) 对数似然(越高越好),RCCBM 四项全高:GMM32 为 0.328(TDM 0.292),GMM64 为 0.378(0.174),GMM128 为 0.200(0.112),RingBand 为 0.834(0.428)。GMM32 的对照直接引用 TDM 论文数字,其余三项是同一协议下重训。在 T2 上用高精度 WKBC 当参考,RCCBM 的源/目标 Sinkhorn 是 0.158/0.159,对照 0.104/0.111,方向一致但有可见缺口。

蛋白构象过渡用 mdCATH 结构域 1jvmB00 的 15 个留出对。相对分子动力学,RCCBM 路径直度增益 95.06%,粗糙度下降 99.21%。这更像正则化传输,不是说它比热运动更物理。

为什么重要

做流形生成、分子构象、旋转分布的人,这是把「两端都是数据」的薛定谔桥接到李群动能坐标上的一套可算实现。环面有核就解析校准,没有核就学一个控制器,误差还按模块拆开。代码公开。

它不是通用流形扩散的替代品。无条件图像生成用不上两端观测;SO(3) 和低维扭转才是它现在站得住的地盘。蛋白路径那组 95% 直度,读成「少绕路的随机桥」,不要读成更好的分子动力学。

局限与存疑

作者写了:实验集中在中等维紧致群和选定分子任务,更高维、更大体系、非紧致李群、齐性空间都还没做。刚体笛卡尔重建是后处理,随机性保证只在约化群上。

另外,SO(3)-GMM32 的基线是引用而非重跑,和其他三行不完全同条件。RNA 几何 RMSE 略差,说明似然赢了不代表所有几何指标都赢。蛋白路径对比的是嘈杂 MD 轨迹,几乎任意光滑插值都会显得更直。RCCBM 组件多(端点校准、磨光教师、重要性修正、终端精修),消融显示拿掉端点校准或终端回放,相对 MSE 和 MMD 都会变差,工程复杂度不低。

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