Nature Genetics 刊文统一「空间生态位」定义，梳理三类概念并给出分析决策框架
lucapinello · x · 2026-11-15
UCLA 研究者 Jingyi Jessica Li 团队在 Nature Genetics 发表 Perspective，指出「spatial niche（空间生态位）」在空间组学研究中被广泛使用但定义混乱，阻碍生物学解读。
论文通过文献梳理归纳出三种常见含义：
- 空间邻域（spatial neighborhood）：以锚定细胞或 spot 为中心的邻近区域；
- 空间域（spatial domain）：通过计算聚类得到的、空间相邻且分子特征相似的 spot/细胞集合；
- 生态系统（ecosystem）：由细胞与非细胞成分构成的、有生物学依据的微环境。
作者进一步区分两种分析角色——作为 spot 级协变量建模局部上下文，或作为 spot 簇做组内/组间的组成与分子分析——并给出配套的决策框架图（Ask→Select→Match→Analyze→Validate 五步）。建议仅将「niche」保留给生物学生态系统概念，计算构念分别用 spatial neighborhood 和 spatial domain 表述，以减少歧义。
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