基因组模型基准更新:AlphaGenome 2 与 Cerberus 仍难预测远端增强子
anshulkundaje · x · 2026-11-13
CSHL 的 Alan Murphy 与 Peter Koo 发布了 Genomics×AI 博客的基准更新(该博客采用可版本化的“活文档”形式)，在 K562 CRISPRi 增强子数据上评测了 Enformer、Borzoi、NTv3、Cerberus 与新版 AlphaGenome 2,扩展 Karollus 2023 的工作。
要点：
- 新模型总体更强：seq2func 模型随代际更新性能持续提升；AlphaGenome 2(2026 年 11 月，Google DeepMind)可按指定细胞类型/状态条件化预测并通过 API 提供；Cerberus(Calico, Borzoi 后继)用双向 Mamba-2 状态空间块替换注意力+U-Net,读取 786 kb 序列；NTv3 通过在相同功能基因组 track 上后训练进入同一赛道。
- 横评结论：Cerberus 总体与 Borzoi 打平，但在近端增强子上更差、远端可能更好。
- 共性短板：所有模型对远端 CRE(顺式调控元件)效应量级的预测仍然系统性偏低，远端扰动预测仍是开放问题。
所属事件:CSHL 基准显示基因组模型远端增强子预测仍存短板(2 条相关)→
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