ipSAE 扩展到配体评分,修复 AF3/Boltz-2 ipTM 失真问题
sokrypton · x · 2026-11-05
Roland Dunbrack Jr.（Fox Chase Cancer Center）在 bioRxiv 发布新预印本，将其此前提出的 ipSAE 评分从蛋白-蛋白复合物扩展到蛋白、核酸、小分子配体与离子相互作用。
- 核心问题：AF3 与 Boltz-2 用 ipTM 评估复合物置信度，但对配体界面 ipTM 表现很差；PAE 矩阵本身不对称，AF3 取双向得分最大值而 Boltz-2 分开报告，且 TM-score 的 d0 参数依赖体系整体大小而非被评分组件。
- ipSAE 对每个分子对显式指定三个选择：由哪个组件提供对齐坐标系、评分哪些 token、d0 如何定义。
- 实用结论：对配体，将 d0 设为 2，并以蛋白为对齐基准对整个配体打分；ipSAE=0.5 可在 AF3 中区分好坏模型，Boltz-2 中阈值约 0.8。
所属事件:ipSAE 评分扩展至配体与核酸复合物，修复 AF3 打分失真(2 条相关)→
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