Weissman 团队发布 Pycea：单细胞谱系分析工具正式接入 scverse 生态
anshulkundaje · x · 2026-11-02
Whitehead 研究所 William Colgan 等人（合作者包括 Jonathan Weissman、Nir Yosef 等）在 bioRxiv 发布 Pycea，一个面向单细胞谱系追踪分析与可视化的 Python 工具包。
核心是 TreeData——AnnData 的扩展数据结构，可将谱系树与基因表达、空间数据一并存储，兼容 Scanpy 等主流 scverse 工具，打通分子记录（molecular recording）与活细胞追踪两类谱系数据源。
工作流覆盖谱系树重建、UMAP 聚类、谱系可视化到下游谱系分析，整合了 cassiopeia、cell×lineage 等既有工具，让谱系信息能无缝融入标准单细胞分析流程。
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