TF 结合模型配合 CATv1 染色质模型，直接解读变异对结合位点的影响

jmschreiber91 · x · 2026-10-31

研究者 jmschreiber91 介绍转录因子（TF）结合模型的用途：在变异分析中，可及性模型能显示变异扰动了染色质可及性，但需通过 seqlet 匹配推断涉及的 TF；而 TF 结合模型能更直接地识别受影响的结合位点。作者指出这类结合模型与自家的 CATv1 模型配合使用尤其强大——类似 ChromBPNet+BPNet 或 AlphaGenome Atlas 的思路，对同一序列的不同基因组模态提供互补读出，Cherimoya 系列模型同样可以如此组合。配图展示了 K562/HepG2 细胞系中多个变异在 DNase-seq 与 NFE2/TEAD1/CEBPA 等 TF motif 上的 footprints 对比。