Cherimoya 基因组模型绑定图谱可低成本 QC 设计序列

jmschreiber91 · x · 2026-10-31

研究者 jmschreiber91 介绍其 CATv1/Cherimoya 基因组模型系列的用法：与 ChromBPNet+BPNet 或 AlphaGenome Atlas 类似，同一序列可以从多个模型得到侧重不同基因组模态的读出。作者建议把模型目录当作 QC 工具——想鉴定你新设计的元件（甚至整条人工设计染色体）上有哪些转录因子（TF）结合位点，直接跑一遍模型目录即可，成本现在已非常低。配套截图展示了 DNase-seq 与 ChIP-seq 的预测轨迹及 in silico 饱和突变（ISM）归因图谱，能清晰标出 GATA2、HAND2、ZNF410、CTCF 等因子的结合 motif。作者还提到可能已有专门文件格式来高效存储大量模型的归因结果。