基因组基础模型 NTv3 发布：15 物种功能预测与调控序列设计
anshulkundaje · x · 2026-10-30
- InstaDeep 团队发布 Nucleotide Transformer v3（NTv3），预训练语料为 OpenGenome2 的超 12.8 万个基因组、约 8 万亿核苷酸，覆盖细菌、古菌、真核与病毒，支持 1Mb 长序列的碱基级预测。
- 后训练分三路：对 15 个物种、16262 条功能 track 做多任务回归（基因表达、组蛋白标记、转录因子结合、可及性等）；在 174 个注释组装上微调出哺乳动物、植物、昆虫的基因注释模型（HMM 解码双链基因模型）；以及基于 masked diffusion 的生成式后训练，用 MPRA 活性数据定制设计启动子与增强子。
- 配套修订版预印本已放出，模型在跨物种基因组功能预测与调控序列设计上均有提升。
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