AMARO v2.0 发布：单模型统一模拟蛋白、配体及三元复合物
gdefabritiis · x · 2026-10-29
ACELLERA 与庞培法布拉大学（UPF）合作发布预印本 AMARO v2.0，一个覆盖蛋白质、药物样小分子及其复合物（含蛋白-蛋白-配体三元体系）的粗粒化神经网络势（coarse-grained neural network potential）。
关键设计
- 保留全部重原子，氢信息编码进 26 种 bead 类型，覆盖 18 种元素；网络以体系总电荷为条件，溶剂做隐式处理
- 训练流程：从量子力学小分子力场 → 蛋白构象 → 蛋白-配体复合物逐步进行
验证结果
- 两次 500 ns 泛素模拟保持折叠结构；能复现 α3D 与 villin 的构象景观，α3D 较 v1.0 有改进
- 适配复合物后，孤立分子的力精度有所下降（明确指出的 trade-off）
结合预测亮点：胰蛋白酶-苯甲脒测试中，从非结合构型出发，AMARO 在 100 条轨迹中 30 条恢复晶体结合构象（每条轨迹约 4 GPU 小时），而全原子分子力学仅 9/100——恢复率提升 3.3 倍，尽管模拟时间吞吐量更低。
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