figwig 读取性能实测：随机读 2k 窗口比 bigwig 快最高约 40 倍
jmschreiber91 · x · 2026-10-28
作者 @jmschreiber91 分享了 genomics 数据格式 figwig 在 ML 训练场景下的读取性能对比：从每个文件随机读取一个 2k 窗口（每窗口每 track、单线程），figwig 在 6 条 count tracks 上耗时 0.0029 ms、48 条 tracks 上 0.0020 ms；而 bigwig 分别为 0.036/0.014 ms，d4tools view 约 12-12.8 ms，pyd4 高达 272-273 ms。figwig 的最大优势正体现在 Cherimoya/ChromBPNet 这类 ML 模型训练所用的数据读取风格上。作者还提到 Claude 对 figwig 实现指出了几处潜在正确性问题，尚不确定是实现细节还是模型误读。
所属事件:开发者发布 figwig：bigWig 的 N 维泛化，GPU 直载快一个量级(10 条相关)→
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