新基因组数据格式实测：figwig加载比bigwig快一个量级
jmschreiber91 · x · 2026-10-28
该帖是线程的基准测试核心：新格式可完成 bigwig 的一切功能，但专为现代基因组机器学习设计——通过通用 kernel 把数据直接加载到 GPU，兼容 JAX、TensorFlow、PyTorch 等框架，也覆盖 fiber-seq 数据。附带的 DataLoader 基准表（64 窗口×2048bp 及全长 reads、合成 count tracks）显示，figwig 文件配合 pinned memory、device=cuda+dlpack 等路径，在 512 tracks×2048 窗口下约 1.3-1.7 秒，而 bigwig+pyBigWig 达 43 秒，快一个数量级。
所属事件:figwig 基因组数据格式发布：bigWig 泛化至 N 维(6 条相关)→
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