CONCERT 实测:基因敲除位置决定肿瘤响应,性能超五个基线
marinkazitnik · x · 2026-10-25
CONCERT 发布线程的实验主帖:研究基因敲除响应如何依赖其在肿瘤中的位置。
- 数据:Perturb-Map 用 CRISPR 敲除小鼠肺癌肿瘤中的基因并逐一标记,结合空间转录组测量全组织基因表达;研究了 TGF-β 与干扰素通路的 Tgfbr2、Ifngr2、Jak2。
- 结果:把预测的 Jak2 敲除 patch 放入肿瘤核心或正常组织后,预测点都向实测 Jak2 敲除谱靠拢;CONCERT 预测 Tgfbr2 响应对周围微环境依赖最强、Jak2 最弱,并在对比 scGEN、Bioland、GEARS、Steamboat、CelComen 五个基线时胜出。
- 意义:空间模型让研究者不仅能选敲除哪个基因,还能选在组织哪个位置扰动。
作者:Xiang Lin、Kong、Boyang、Soumya Ghosh、Manolis Kellis、Marinka Zitnik(哈佛/哈佛医学院)。
所属事件:哈佛发布CONCERT模型预测基因扰动空间扩散(4 条相关)→
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