哈佛团队发布CONCERT:一张切片预测扰动在组织中如何随时间扩散
marinkazitnik · x · 2026-10-25
哈佛 Marinka Zitnik 团队发布生成模型 CONCERT,直接在空间转录组数据上预测基因扰动的效果如何跨组织传播。
首个演示是 DSS 结肠炎(炎症性肠病标准小鼠模型):由于取材需杀死小鼠,每只鼠只能提供一个时间点。CONCERT 仅凭第 0 天的一张切片,即可预测同一结肠在第 3、9、21 天的状态——Il1b、Cxcl10 等炎症标志物在第 9 天达峰、第 21 天回落,与实测小鼠一致,还能区分不同小鼠响应强弱。这相当于沿时间轴的「反事实生成」,从单一样本生成每只小鼠的纵向视图。
与多数只针对解离细胞的扰动模型不同,CONCERT 用高斯过程变分自编码器为每个扰动学习空间核,描述效应从被扰动细胞向外扩散的距离及其对周围微环境的依赖,可交换扰动、把扰动 patch 移入其他微环境,支持 2D 切片和 3D 连续切片。
所属事件:哈佛发布CONCERT模型预测基因扰动空间扩散(4 条相关)→
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