从客户工作流到 SpatialBench:前沿模型在空间生物学的落地方法论
kenbwork · x · 2026-10-10
作者分享 2025 年初用早期推理模型探索生物科技的直觉积累,通过研究空间组学、单细胞与蛋白质组学厂商(如 TakaraBio、Vizgen、AtlasXOmics)的客户工作流并构建原型,得出三点结论:
- 代码是模型操作实验测量数据的载体
- 编码与统计推理的独立进步可迁移到众多计算生物学工作流(含凝胶、功能实验等低维读出)
- 配合足够的后训练与严格评测,现代生物学的大量工作可用现有 coding harness 完成
由此团队在去年 12 月发布了首个空间生物学 benchmark(SpatialBench),其结构现已扩展到 scRNA、WGS、ATAC、ChIP 等测量类型,并进入药物研发的具体活动。
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