pCoMole 用离散流匹配编辑生物分子：229 残基 GFP 湿实验验证成功
rishabh16_ · x · 2026-10-03
一篇被 NeurIPS 接收的论文提出 pCoMole（Pareto-Constrained Molecule Editing），基于离散流匹配的分子编辑框架，解决生物分子「变小但保留功能」的难题。
- 核心方法：用增广 Tchebycheff 效用定义带可行性门控的终端分布，通过 Doob-h 变换引导预训练的 Edit Flow，在满足硬生化与可制造性约束下做多目标优化；用短 Monte Carlo rollout 近似所需调和函数，保证偏好一致性。
- 实验验证：缩短 GFP 并保留荧光特性、缩短多种 Cas9 直系同源物同时保持 PAM 特异性、将肽结合剂压缩为优化七项药物特性的短肽模拟物。
- 湿实验：两个 229 残基的 eGFP 变体经 10 处缺失加 1-2 处替换后，在 BL21 细胞中仍保持明显绿色荧光。
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