AI物理建模重建常染色质结构，发现活性区域多位于表面
anshulkundaje · x · 2026-09-29
Paggi、Long 与 Zhang 在 Nature Genetics 发表新研究，利用基于物理建模的模拟框架，从 region-capture Micro-C（RCMC）接触图谱推断 megabase 级区域在核小体分辨率的构象系综。
- 关键技术：提出 Micro-C 平衡策略识别接触密度变化，模拟结果与 chromatin tracing 测得的成对距离分布一致，并复现了成像观察到的 packing domains 与 nucleosome clutches。
- 核心发现：常染色质并非传统认为的均匀开放，而是普遍形成凝聚域——密度与异染色质相当但尺寸更小；启动子与增强子的 kb 级活性区域常突出于域表面，增强子-启动子相互作用主要发生在表面。
- 意义：将增强子/启动子三维组织解析推进到核小体分辨率，为转录调控的结构基础提供新视角。
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