两阶段管线发现新型 RNA 病毒：ESM-2 粗筛 + 结构验证
bravo_abad · x · 2026-09-22
Luo 等人用「便宜方法粗筛、昂贵方法验证」的两阶段管线，在宏转录组数据中搜索与已知病毒几乎无序列相似性的分歧 RNA 病毒。
- 第一阶段刻意廉价宽泛：紧凑版 ESM-2 蛋白语言模型加轻量 Transformer 扫描蛋白序列，找疑似 RNA 依赖的 RNA 聚合酶（RNA 病毒的标志酶）候选。
- 第二阶段只对候选做昂贵的 3D 结构预测，与仅含催化聚合酶结构域的精选库比对。结构在序列相似性早已消失后仍保守，因此能捕获分歧病毒。
核心思路：当搜索空间巨大时，昂贵方法不应检查一切——这是深度学习筛选与结构验证结合的 AI for Science 典范。
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