OXtal 团队开源 OXtalign：晶体堆积比较比 COMPACK 快至 200 倍
CatAstro_Piyush · x · 2026-09-22
分子晶体机器学习项目 OXtal 团队发布开源 Python 包 OXtalign，用于比较晶体堆积，计算 CSP 领域标准的相似度指标 RMSDn（即 CCDC COMPACK 的实现）。
关键数据：
- 速度：单核单次比较中位耗时 7.8 ms，最快比 COMPACK 快 200 倍，且结果完全确定
- 精度：在 2000 组 CSD 比较上 RMSD₁₅ 与 COMPACK 一致到 0.004 Å；匹配判定在 99% 的精选多晶型比较和 88% 的随机 CSD 比较上一致，其余差异多为 COMPACK 超时
- 许可：Apache 2.0，基于 gemmi + numpy + scipy
- 格式：支持实验 CIF、无晶胞预测簇、PDB/XYZ 及 ASE/pymatgen 对象
由 OXtal 末位作者 ChengHao Liu 开发。
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