模型扫描全部核糖体结构:发现 240 个以现有物理不允许的方式折叠

JosephJacks_ · x · 2026-09-21

一条引用帖描述了一个用 AI 审查 PDB 已沉积结构的流程:对有史以来存入数据库的每个核糖体结构进行扫描,发现其中 240 个的折叠方式是任何力场所不允许的——而且不是让模型检查模型,而是让它找出哪些已沉积原子在物理学上不可能。

工作流分为七步:PULL(只拉取坐标不带论文)、STRAIN(对每个键角与接触按化学允许范围打分)、WARN(标记被拟合软件而非数据固定的原子)、TRACE(回溯被标记原子的解析分辨率)、MAP(检查该原子下的电子密度是否真的支持它)、WEIGHT(按下游工作依赖程度对标记排序)。

主帖同时引用了 quantum consciousness 研究者 Stuart Hameroff 的争议观点:AlphaFold 类模型忽略了色氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸芳香环之间的量子范德华耦合,这些弱相互作用数量众多、集体生效,他声称这正是「计算机与有意识大脑的差别」——此说法属个人假说,未被主流学界接受。

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