enFoldX 用 AlphaFold3 结构噪声预测 TCR 识别
quaidmorris · x · 2026-07-22
enFoldX 把 AlphaFold3 的结构噪声变成 TCR 识别预测信号
这条帖在介绍一个名为 enFoldX 的研究：它不只看 AlphaFold3 的单个预测结构，而是把 AF3 ensemble 里的结构、置信度和生物物理特征一起拿来，判断 TCR 是否识别某个 peptide–MHC。
- 配图中的 SHAP 分析显示，iPAE 是最关键特征，iPTM、pLDDT、peptide:MHC interface，以及 ensemble 的均值/标准差也都有独立贡献。
- 在 neoantigen 任务里，肽段只差一个氨基酸时，enFoldX 在 8 个 mutational-scan 数据集上拿到 median AUC 0.71，领先 sequence models、TCRen 和单结构版本。
- 在 IMMREP25 的 unseen-peptide challenge 上，它也超过了所有序列和结构基线。
- 在 VDJdb 十折交叉验证里，human TCR-split AUC 0.82，mouse AUC 0.98；更值得注意的是，只用 human 数据训练的模型，迁移到 mouse TCR:pMHC 上仍有 AUC 0.76，体现出跨物种泛化。
所属事件:enFoldX：将AlphaFold3结构噪声转化为TCR识别信号(11 条相关)→
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