2026-09-17
Maynooth 团队用支架 DNA 计算机在热力学平衡下跑通 10 个程序,含 25 位加法(100 比特计算);N=4 常规退火产率约 95%,最短约 1 分钟,BitCopy 可换输入重跑 25 次。
数字计算机和活细胞一样,靠持续耗能把系统维持在远离平衡的状态,用校对、冗余、精细时序把错误压下去。理论早就指出,计算可以嵌进一个弛豫到平衡态的物理系统里,输出就是能量最低的构型。机器学习里的能量模型和模拟退火用的是同一套想法,但跑在非平衡的硅上,能耗极大。缺的是一块可编程、能量景观好设计的物理介质。
此前的 DNA 计算大多走非平衡路线:算法自组装、链置换电路、分子机器人。成绩不小,也带来漏反应、非预期成核、手工多步操作和对温控的敏感。Maynooth 大学这条线要证明:正确输出可以在热力学上被偏爱,实验协议可以很简单。
支架 DNA 计算机(SDC)是一根一维支架,N 个位点各有独特结合域。计算「砖块」(tile)左右两侧带着程序位和数据位,这里每侧 ℓ=3 比特。程序加输入对应砖块子集,与支架混合。砖块先按底部位点域贴到颜色匹配的支架位置,再靠左右计算域和邻居配对;颜色对不上就是算法错误,带着焓惩罚,之后会被替换掉。第一位点只有一块锚定砖,用来钉死唯一目标构型。
有限状态机可以编译成一维 SDC。实验上砖块浓度通常是支架的 10 倍,保证每个位点都能抢到一块;结合强度弱到可逆,好做错误纠正,也减少支架外的杂组装。读出用淬灭荧光:低信号为 0,高信号为 1。常规协议是 80°C 降到 20°C 的 3 小时单锅退火,支架 100 nM,再保温 45 分钟。短支架还试了 1 分钟量级的超快退火。换输入时加新链和旧输入的阻断链,再退火,程序就能重跑。
10 个程序,700 多次计算,二进制输入最长 50 比特,计算量到 100 比特,还有三进制串。
N=4 的常规退火里,输出与目标对照线性可分。4 位加法平均产率 96.7%(标准差 0.027),最差一个输出比特 91.6%;10 个 N=4 程序总平均 95.3%(标准差 0.035)。位点 B、C 平均 98.1%,位点 D 降到 94.4%。竞争复杂度从 2 加到 8,3 小时退火的产率没有明显掉,复杂度 8 时平均 95.1%。20 小时退火后保温既不漏信号,也不慢慢补完。一份样品搁了 1.5 年,加水后还能重做 MultiplyBy3 和 Parity。
超快退火从 80°C 降到 55°C,不到 1 分钟,0/1 仍然分开。加法 1 分钟平均产率 82.4%,全部计算平均 81.2%。论文称这是文献里非平凡 DNA 程序最快的一档,也碰到了实验室控温设备的下限。
换输入重跑:BitCopy 25 次,加法 9 次,Counter 24 次,每轮约 12 分钟。Counter 尽管每个非锚定位点有 8 块砖在抢,24 轮输出都清楚,归一化荧光大约每 8 轮掉 0.094。
放大到 25 个位点用的是生物来源的 M13 支架片段 scaff-624,支架浓度降到 10 nM,绝大多数链未纯化。25 位加法靠「汇点 / 非汇点」吸收进位来截断错误路径;随机 25 位加法对的最长非汇点段 M 均值 4.0,M=4 大约 1 小时,图中 M=5 的例子 14 小时内完成得不错,M≤5 覆盖超过 84% 的 25 位加法对。IsoenergeticBitCopy 把竞争砖块的计算域做成同一组域的不同排列,让固定错配数的构型能量几乎同一水平:20 位点产率 71%,25 位点 59%,都是 14 小时退火。
| 设置 | 规模 | 时间 | 产率 |
| N=4 常规退火 | 10 个程序 | 3 小时 | 95.3% |
| N=4 加法 | 4 比特输出 | 3 小时 | 96.7%(最差比特 91.6%) |
| N=4 超快退火 | 全体 | 1 分钟 | 81.2% |
| IsoenergeticBitCopy | 20 / 25 位点 | 14 小时 | 71% / 59% |
对做能量模型、模拟退火、可逆计算的人,这是把「输出=基态」从算法口号做成湿实验的一次演示:协议是单锅退火,短实例按分钟计,同一管反应能换输入重跑几十次,不必每轮提纯。它和 GPU 上跑的能量模型不是一个东西,不能拿来训网络。价值在计算模型,在 DNA 纳米结构和数据存储里,这种「自由能景观设计」可能比再堆一套校对子系统更划算。
N=4 已经很稳。N=25 能跑,产率掉到六成左右,时间变成十几个小时。
放大依赖更慢的退火。M13 支架各段结合能不均匀,还带着约 6.6 kb 多余单链,浓度又低了一个数量级,信噪比变差。25 位点 BitCopy 59% 的产率离「随便规模化」还早。超快退火产率掉到八成出头,线性可分不等于比特差错为零。
25 位加法其实加了汇点逻辑来压错误,和「完全不需要显式纠错」的宣传有一点张力。三进制数字 2 的读出靠一次碰巧发现、后来才标定的温度相关杂淬灭,不是一开始就设计好的通道。理论时间上界 N² 并没有在实验里被强制执行,退火路径仍是黑盒。加热-退火本身的能耗也还没跟硅机做严肃对比。