GPU 加速同源搜索引擎 Jade 发布，比 BLASTN 快 26 倍
anshulkundaje · x · 2026-11-15
Litefold 团队发布 Jade，一个轻量级、GPU 加速的同源搜索（homology search）引擎，支持蛋白质、DNA 和 RNA 序列。
背景：现代蛋白质结构预测高度依赖 MSA（多序列比对）中的进化信息，但大规模生成 MSA 需要庞大的数据库、内存和预处理基础设施。
技术要点：
- 基于 DIAMOND 构建，新增自定义 CUDA kernel、核苷酸搜索能力
- 可直接为 Boltz-2、Protenix 等 co-folding 模型生成 A3M，无需预建搜索索引
性能数据：
- 在模拟分歧 DNA 序列上，召回率接近 BLASTN 的同时快 26 倍
- A100 上蛋白质搜索比 64 线程 CPU 基线快 10–11 倍，灵敏度不变
- 49 秒内完成 15 个 CASP17 靶点的全部 32 个 MSA，MSA 准备仅占端到端 co-folding 时间的约 3–5%
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