AWS 上架 OpenFold3：SageMaker 一键部署全原子分子结构预测
AWS ML Blog · rss · 2026-11-14
AWS ML Blog 宣布 OpenFold3-preview 已可在 Amazon SageMaker JumpStart 部署。OpenFold3 由 OpenFold Consortium 与哥伦比亚大学 AlQuraishi Lab 开发，Apache 2.0 开源，可从蛋白质、DNA、RNA 序列及 SMILES 小分子配体预测全原子 3D 复合物结构，输出含 pLDDT/PAE/PDE 置信度。
要点
- 支持多链蛋白复合物、蛋白-核酸、蛋白-配体共折叠，可用于靶点识别、抗体与蛋白工程、基于结构的虚拟筛选。
- 因折叠任务常需数分钟，采用 SageMaker 异步推理端点：请求写入 S3 后经 InvokeEndpointAsync 提交，超时上限 1 小时，结果回写 S3 并可经 SNS 通知；支持内部排队应对批量请求、空闲时缩容到零以省成本。
- 默认实例 ml.g6.4xlarge，可选 ml.g6.2xlarge/12xlarge 多 GPU 并行；可自带 MSA 提升精度，端点网络隔离保证序列不出账号。
- 文章给出完整部署代码与步骤：ModelBuilder.fromjumpstartconfig 构建、AsyncInferenceConfig 指定输出/失败路径、权限最小化 IAM 配置、配额检查与清理注意事项。
对计算药物发现团队，这提供了一条不自己搭 GPU/CUDA/PyTorch 栈的私有化结构预测管线。
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