跑 1 亿次 Boltz-2 共折叠,Recursion 研究员构建最小虚拟细胞
HannesStaerk · x · 2026-11-14
Recursion 研究员 Dominique Beaini 发表博客,讲述其历时 12 个月的实验:用竞价型 GPU 大规模运行 AlphaFold Multimer 蛋白-蛋白共折叠与 Boltz-2 蛋白-配体共折叠(含亲和力预测),累计完成 1 亿次共折叠,覆盖 9,000 个独特靶点和 50 万个配体,构成名为 affinity-prints 的数据集。
关键发现:
- 难点不在跑折叠,而在判断哪些预测相互作用在细胞内真正重要——通过将 affinity-prints 与 Recursion 的大规模表型组(phenomics)数据耦合来过滤和稀疏筛选。
- 仅用 6 个参数就构建了「最小的虚拟细胞」,可基于 dense affinity-prints 与专有基因表达/基因-基因关系数据集估算表型相似度图谱。
- 开发了简单的数据驱动配体评分方法 Lig2Cell,评估配体对细胞的效果。
该工作将在 Valencia Labs 读书会上讲解,展示了把结构预测模型规模化和细胞生物学数据结合的 AI for Science 路径。
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