CSHL 基准测试:AlphaGenome 2 仅在 TSS 附近 100kb 内领先增强子预测
anshulkundaje · x · 2026-11-13
CSHL 的 Alan Murphy 与 Peter K. Koo 发布针对 seq2func 基因组模型的新基准,用 CRISPRi 干扰实验评估模型预测远端增强子(distal enhancer)对靶基因表达影响的能力,覆盖 AlphaGenome、AlphaGenome 2、Borzoi、Cerberus、Enformer、NTv3 等模型。
关键结论:
- Google DeepMind 2026 年 11 月发布的 AlphaGenome 2 总体领先,但属于渐进式改进:在距 TSS 约 100kb 以内的增强子上更好,更远距离上与初代 AlphaGenome 打平。
- AlphaGenome 2 可按指定细胞类型/状态条件化预测,并通过 API 提供;Calico 发布的 Borzoi 后继者 Cerberus 采用双向 Mamba-2 状态空间块,读入 786kb 序列。
- 该基准针对此类模型已知弱点:对个性化基因组表达和远端 CRE 效应量的预测,这些才是生物学家真正关心的问题。
所属事件:CSHL 基准显示基因组模型远端增强子预测仍存短板(2 条相关)→
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