NovaAtom-Lite 登顶 FoldBench，抗体预测 79.07% 远超 AlphaFold 3
QuanquanGu · x · 2026-11-11
Geodesic Intelligence（由前 SeedFold 技术负责人 Quanquan Gu 创立）发布全原子结构预测模型 NovaAtom-Lite，可给定蛋白质、DNA、RNA 链及小分子配体序列，预测每个重原子的位置并给出残基级置信度。
在 FoldBench 基准上的关键成绩（5 seeds × 5 samples，按模型自身排名分取 top-1，训练数据截至 2021-09-30，与 AlphaFold 3 相同）：
- 抗体-抗原：79.07%（n=172），高于 IsoDDE 的 75.58%、AlphaFold 3 的 47.90%
- 蛋白-小分子：77.06%，略超 IsoDDE 的 75.99%，AlphaFold 3 为 64.90%
- 蛋白单体 LDDT 0.891、蛋白-蛋白 75.63%、RNA 单体 0.620 均列第一；但蛋白-DNA（74.24%）落后于 ESMFold2 和 AlphaFold 3 的 79.18%
- 在 PDB 8IDO（MERS-CoV RBD 纳米抗体，2024 年才发布、超出训练截止）上 25/25 预测全部正确对接，top-1 DockQ 0.839
模型已通过 Geodesic API 和 NovaDDE 上线。作者强调其对药物发现最关键的两类界面——抗体-抗原与蛋白-小分子——优势最明显。
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