全原子结构预测模型 NovaAtom-Lite 发布，抗体抗原预测大幅超越 AlphaFold 3
QuanquanGu · x · 2026-11-11
Geodesic Intelligence 发布全原子结构预测模型 NovaAtom-Lite，用于药物发现：可将蛋白质、核酸、配体及其结合方式作为完整复合物进行全重原子坐标预测，支持共价结合、接触口袋等场景，并为每个残基生成独立的 pLDDT/PAE/ipTM 置信度。
基准成绩（FoldBench，抗体–抗原 172 界面，DockQ ≥ 0.23）：
- NovaAtom-Lite：79.07%
- IsoDDE：75.58%
- AlphaFold 3：47.90%
蛋白质–配体任务（538 界面）上为 77.06%，同样超过 IsoDDE（75.99%）与 AlphaFold 3（64.90%）；PXMeter 22to25 抗体–抗原上为 66.05%，高于 OpenDDE 的 51.0%。评估采用 5 seeds × 5 samples，由模型自身排序分选取 top-1 预测。对未知近似配体，多次采样配合 pLDDT 过滤可将成功率从单种子 74.3% 提升至 100 seeds 的 83.1%（pLDDT>90 时中心 Cα 误差约 0.47 Å）。模型已通过 Geodesic API 和 NovaDDE 开放使用。
所属事件:Geodesic 发布 NovaAtom-Lite，抗体-抗原预测 79% 超 AlphaFold 3(17 条相关)→
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