仅 65.9M 参数的 Pallatom2 发布,蛋白结合体设计实验成功率 53.3%
sokrypton · x · 2026-11-09
杭州 Levinthal 生物科技发布 Pallatom2,一个原子级(atom-to-atom)生成式蛋白设计模型,论文由 sokrypton 等人转发。
核心方法
- 统一 Atom14 表示,将主链、侧链与 L/D 残基整合;
- AtomPairFormer 编码 3D 几何与化学键;
- 残基引导的稀疏全原子注意力,连接全局结构与局部原子细节。
关键结果
- 模型仅 6590 万参数,却支持最长 1600 残基的单体采样,覆盖长链单体、多结构域蛋白与同源多聚体;
- 结合体设计:210 个候选中 112 个有活性(53.3%),10 个实验评估靶点全部获得结合体;
- 6 个靶点达到皮摩尔级表观亲和力:SC2RBD KD 3.96 pM、PD-L1 33.8 pM、TNFα 1.166 nM;
- 部分扩散可将 TNFα 亲和力提升最高 7.57 倍;CDR 界面重塑能把失活的 de novo 纳米抗体转化为 KD 4.31/5.93 nM 的结合体。
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