个性化癌症疫苗开源工具 OpenVax 改版,OpenVax2 将支持长读长测序
iskander · x · 2026-11-07
北卡罗来纳大学教堂山分校个性化免疫治疗实验室维护的 OpenVax 发布了新官网,并宣布工具链正在快速迭代,朝着 OpenVax2 新版本演进。
OpenVax 是一套用于个性化癌症疫苗设计的开源 Python 库与命令行工具,能找出患者肿瘤中 T 细胞可能识别的突变并排序筛选疫苗肽,已用于多项临床试验。OpenVax2 计划新增长读长测序、结构变异、ncORFs、CTA、病毒抗原以及公共质谱数据等支持。
现有组件包括:Vaxrank(按 MHC 呈递预测与肿瘤 RNA 支持度给候选肽排序)、Isovar(从 RNA reads 拼接突变蛋白序列)、Varcode(预测 DNA 变异对转录本/蛋白的影响)、mhctools(统一接口调用 NetMHCpan、MHCflurry、MixMHCpred 等多个呈递预测器),均可 pip 安装。
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