芝加哥大学发布 Mola：从 DNA 序列预测单分子染色质状态分布

anshulkundaje · x · 2026-11-06

芝加哥大学 Jian Zhou 团队发布预印本「Predicting single-molecule chromatin distribution from DNA sequence」，介绍 Mola 模型。基因调控发生在单分子层面，但现有深度学习模型只能预测细胞群体平均值，无法捕捉单分子层面的异质性与动态。团队提出 sequence-to-distribution（S2d）框架，直接从 DNA 序列建模单分子染色质状态的概率分布，并训练出单分子染色质可及性模型 Mola（覆盖 10 kb 区域）。借助 Mola，他们量化了序列驱动的核小体调控，揭示了转录因子与核小体结合的多种新模式。同期还有多项并行研究：Anshul Kundaje 组的 SMFNet，以及 Jodi Lee、Katie Pollard 和 Vijai Ramani 的 ChAI-Net。