蛋白质折叠式突破能否复制？学者争论小分子数据瓶颈
kaveh_Nasr · x · 2026-11-04
一条关于 AI for Science 的技术讨论：有人提出要在小分子领域复现 AlphaFold 式的「蛋白质时刻」，关键在于收集与基因组学/宏基因组学对蛋白质同等量级的数据——即为整个生命之树上每个生物体识别配体（ligand）存在与否的数据。回复者 kavehNasr 则指出更具体的难点：若要穷举非重叠结合口袋，搜索空间约为 n·S/sl（n 为蛋白质数量，S 为平均表面积，sl 为配体表面积），并认为当前需要更好的蛋白质表面嵌入（embedding）方法。讨论核心是：蛋白质折叠成功依赖海量序列数据，而小分子药物发现缺乏对应的系统性数据源，这可能是复现成功的主要瓶颈。