自主 Agent 定制 MSA 策略，提升 AlphaFold 3 蛋白复合物预测
SJTU · hf · 2026-11-04
上海交大联合复旦、北邮及上海人工智能实验室的团队在 arXiv 发布论文，提出一个自主研究 Agent 来优化 AlphaFold 3 的 MSA（多序列比对）组织方式。
- 论文指出，现有管线对 MSA 深度和跨链配对采用统一配方，但研究表明两者的价值高度依赖目标界面，没有通用最优配方。
- 该 Agent 将冻结的 AF3 视为黑盒实验平台，基于生物学假设推理并自主设计针对特定目标的 MSA，以更少的序列提升蛋白-蛋白界面预测效果。
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