ipSAE 框架扩展至蛋白-核酸-配体复合物打分，bioRxiv 预印本上线
victorgreiff · x · 2026-11-04
Fox Chase 癌症中心 Roland Dunbrack 发布 bioRxiv 预印本，将其此前针对蛋白-蛋白复合物提出的 ipSAE（interaction predicted score from aligned errors）打分框架扩展到蛋白-核酸、小分子配体和金属离子等更多样化的分子复合物。
- 指出 AlphaFold 3 的 ipTM 与 Boltz-2 的 PAE 打分缺陷：PAE 矩阵方向不对称，AF3 只报告两个方向 ipTM 的最大值，Boltz-2 则分开报告；d0 缩放参数依赖体系整体大小而非被评估的组件本身，无关结构域或无序区域还会拉低 ipTM。
- ipSAE 通过对每个分子对明确三个选择来修正：哪个组件提供对齐坐标系、评估哪些 token、d0 如何定义。
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