斯坦福发布蛋白设计框架 ProteoCraft：严格通过率 86.2%，湿实验命中率 82.9%
机器之心 · wechat · 2026-11-03
斯坦福 X-lab 与 SNAP 实验室联合发布蛋白设计框架 ProteoCraft，用「提案—验证」树搜索方案在庞大的蛋白质序列空间中高效探索，已通过计算基准与湿实验双重验证。
核心方法
- 提案阶段：结合序列先验、几何约束与截断扩散梯度（仅对最后一步去噪保留梯度以省算力）给出修改方向；
- 验证阶段：对离散候选序列运行完整 ESMFold2 结构预测并按置信度评价；
- 两阶段蒙特卡洛树搜索：Stage A 多位点广泛探索，Stage B 单点精修；支持限定区域的局部改造（如 TCR 结合蛋白、CDR 改造）。
关键结果
- 独立 AF2-IG 评估严格通过率 86.2%（181/210），对比 BindCraft 49.5%、BindCraft v2 58.1%、PXDesign-d 9.5%；
- 树搜索使 ESMF old2 严格标准通过率达 54.3%，是同预算 Best-of-N（19.0%）的 2.85 倍；单点精修使通过率从 40.5% 升至 54.3%；
- 使用 Anthropic 开源的 ESMFold2 推理优化工具，Big 配置实现平均 3.57 倍端到端加速且质量基本不变；
- 湿实验：PD-L1 微型蛋白 35 个候选全部成功表达，29 个结合命中（82.9%），6 个 Kd<10nM，最佳 0.879nM；29 个命中形成 29 个序列簇，多样性高；
- IFNAR2 VHH 纳米抗体命中 44.4%，微型蛋白 18.5%；共测试 75 个设计，94.7% 成功表达；
- 另做了免疫原性与脱靶风险初筛，为候选排序与下一轮实验提供依据。
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