Relation Therapeutics 发布 PEP-seq:用先导编辑为 DNA 基础模型造训练数据

anshulkundaje · x · 2026-10-31

Relation Therapeutics 团队在 bioRxiv 发布预印本,提出 prime editing perturb-seq(PEP-seq)协议,回答「DNA 基础模型需要什么样的数据」这一关键问题。传统 Perturb-seq 能导入的变异有限,先导编辑又多限于简单机制读出;PEP-seq 将程序化突变直接与转录组状态关联。团队设计了 2164 条先导编辑向导 RNA,靶向常见 eQTL、提前终止密码子与位点变异,规模化生成 variant-to-function 训练数据。配图给出三层训练数据框架:参考基因组公共数据训练基础模型、个人基因组(WGS+scRNA-seq)微调做个性化预测、合成设计编辑测试反事实以提升分布外性能,可用于 VUS 与罕见病解读。