auto-optimize 再提速 Bonsai 约 6 倍，homer2 快 10-100 倍且大降内存
jmschreiber91 · x · 2026-10-30
同一作者的后续帖子，继续展示 auto-optimize 工具的成果：
- Bonsai（单细胞数据表示工具）提速 PR：在几乎所有输入上将 bonsaimain.py --step all 提速 4.2-7.9 倍，输出与原版逐字节一致。500 细胞 PBMC 输入（4 MPI 进程）中位耗时从 80.22 秒降至 13.41 秒（5.98 倍）；四个完整 10x Genomics 实验几何平均提速 5.99 倍；pbmc10kv3（11,769 细胞）16 进程下从 3,526 秒降到 526 秒。主要收益来自三点：用 numba 内核改写逐基因似然循环、运行后冻结垃圾回收器等。
- homer2：对 motif 发现已扫描算法的两项提速，使其快 10-100 倍且内存占用大幅降低；因原作者无回应，团队自行发布，但声明功劳归原作者。
所属事件:auto-optimize 批量优化 11 个生信工具，巨型 PR 引发粒度之争(22 条相关)→
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