auto-optimize 优化生信工具:bedtools intersect 提速 3-5 倍、内存降 20 倍
jmschreiber91 · x · 2026-10-30
UMass Chan 医学院可编程基因组学实验室的 jmschrei 连发推展示用自研 auto-optimize 工具优化经典生信工具链:(7) Picard MarkDuplicates 提速 2-9 倍;(8) bedtools intersect 提速约 3 倍、内存降至原来的三分之一。GitHub PR 详述:优化改变 bedtools 读取、存储、索引和输出 interval 记录的方式,unsorted intersect 在默认构建下快 3-5 倍,subtract/fisher/map/merge/jaccard/coverage/closest 快 1.1-1.7 倍,峰值内存最高降 20 倍,且输出字节完全不变。实测:570 万 RepeatMasker 记录的 intersect 从 11.44s 降至 2.39s,峰值内存从 2922MB 降至 550MB;9 组配对比较全部更快(中位差 -8.66s,p=0.0039)。另有可选 FAST=1 构建启用 -O3、LTO 与 PGO,同测试仅需 1.98s。
所属事件:auto-optimize 优化生信工具：提速数倍且输出一致(3 条相关)→
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