首个「家族感知」All of Us 多基因预测基准发布
anshulkundaje · x · 2026-10-29
Reticular 团队在 medRxiv 发布针对多基因风险评分(PRS)与基因组机器学习的新基准,基于 All of Us 研究计划 v9 数据构建。核心问题是:现有 PRS 研究因队列、表型定义与评估流程不同而难以互相比较,机器学习方法的评估又极易被「亲属跨训练/测试集泄漏」扭曲。
该基准的关键设计:
- 将整个家族单元固定分配到 discovery、calibration、test 三个分区,避免信息泄漏
- 保留一级亲属用于家族内评估(within-family evaluation)
- 区分仅用 AoU discovery 数据训练的模型与使用外部 GWAS 汇总统计量的模型
这使得 PRS 与 ML 方法可以在统一协议下直接对比,是多基因预测领域更严谨的评测基础设施。
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