字节开源 Protenix 跑赢 AlphaFold3,多项基准最高领先 10 个百分点

RichardsonDx · x · 2026-10-25

Google 的 AlphaFold3 用于预测蛋白质结构及药物结合方式；字节跳动将其重建为开源项目 Protenix,在匹配基准上已超越 AlphaFold3。FoldBench-Corrected 数据显示:单体 lDDT 上 PX-v1(4 seeds)达 88.6 vs AF3 的 88.0;抗体-抗原对接成功率 55.6% vs AF3 的 48.8%;蛋白-配体 RMSD<2Å 且 lDDT-PLI>0.8 成功率 63.5% vs AF3 的 62.6%,且大幅领先 Boltz-1、Chai-1、HelixFold3 等同类开源方案。原版 AlphaFold3 此前闭源,实验室无法本地部署;Protenix 让任何实验室或初创公司都能自行运行和二次开发,对结构生物学与药物研发的开源生态意义深远。