Arc Institute 用基因组语言模型绘制原核非编码序列图谱
tedgreenwald · x · 2026-10-23
Arc Institute Patrick Hsu 团队发布预印本 COMPASS,用基因组语言模型系统绘制原核生物非编码 DNA 这片「暗物质」。
- 团队对 1.3 Tb 的原核基因组和宏基因组中 3.76 亿个基因间区做嵌入,聚成 514 万个簇
- 从中提名 20,149 个可能的结构化 RNA 簇及其候选蛋白伙伴;仅凭序列就恢复了 CRISPR、TIGR、VIPR 阵列及其效应蛋白
- 还发现比已知同源物具有更长向导识别序列的 bridge RNA 变体,并用 AI agent 团队按研究者设定的标准挖掘数据库,找到新的核糖开关、核酶等
- 已公开发布数据库,供「人+agent」的分子发现使用
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